С точки зрения генетики за окрас шерсти отвечают пигменты — меланины. Меланин бывает двух форм:
эумеланин — синтезирует чёрный или коричневый цвет, имеет эллипсоидальную или сферическую форму гранул;
феомеланин — синтезирует жёлтый или оранжевый цвет, имеет шарообразную форму гранул.

В зависимости от генотипа собаки имеют различные окрасы, которые получили в среде селекционеров пород ряд названий, например, муругий, чубарый, лемон-бельтон, арлекино, домино и другие.

Открыты связи определенных типов окраски с продуктивностью, рабочими качествами, жизнеспособностью. Например, собаки мраморного окраса более восприимчивы к заболеваниям, за это отвечает ген М., который формирует пятнистость типа «арлекин» и в гомозиготном состоянии ведет к рождению белых щенков с аномалиями органов чувств[28].

Млекопитающим с шерстяным покровом, в связи с изменением температуры характерно сезонное обновление шерсти. У собак к весне вырастает более редкая и короткая шерсть, осенью мех становится густой и длинной, у некоторых пород собак появляется подшерсток[29]. Линька отличается в зависимости от типов шерсти, у длинношерстных собак процесс смены шерсти интенсивней нежели у гладкошерстных[30].

Мексиканская голая собачка почти лишена волос. У некоторых пород шерсть может отрастать до 55 см, и только постоянные стрижка и расчёсывание обеспечивают животному нормальную жизнь. Породы различаются также характером волоса — у одних он грубый, у других — шелковистый.