В период с марта по сентябрь джунгарские хомяки приносят 3-4 помета с 2-18 детенышами каждый. Через месяц после рождения их уже надо отсаживать. Половая зрелость наступает с 1-2 месяцев. Срок беременности 18-30 дней. Размножившейся самке следует создавать спокойные комфортные условия содержания, так как в случае стресса самка может убить и съесть свое потомство. Также самка может проявлять агрессию по отношению к самцу. Это означает что самка еще не готова к оплодотворению.